Con sentenza del 15 aprile 1625, Mons. Stefano Cecchi, preposto “nullius” di Pescia, elevò la chiesa di Uzzano al titolo di pieve. Il 25 aprile, al termine della processione per la festa di San Marco, Mons. Cecchi benedì il nuovo fonte battesimale. Il M. Rev. Francesco Lemmi da Buggiano, già rettore sin dal 1608, divenne primo pievano di Uzzano “ad onore di Dio, e dei Santi Jacopo e Martino Protettori di questa comunità”. In occasione dell’elevazione a Pieve, la chiesa di Uzzano subì radicali lavori di ristrutturazione. L’interno fu decorato secondo il gusto barocco. Sulla facciata, si realizzò un loggiato, sormontato da stanze per l’accoglienza dei padri predicatori.
Il pievano Lemmi si trovò a vivere in prima persona la pestilenza del 1630-31, di manzoniana memoria. La peste comparve a Uzzano il 27 maggio 1631, la prima malata fu tale Pellegrina di Paulo del Sordo, che abitava in Quarrata. L’estate fu un’ecatombe, tra il 2 giugno e il 17 agosto morirono 197 persone, tra cui Antonia, sorella del pievano, Suor Tomasa Vannini, priora del Convento dei Santi Francesco ed Elisabetta, e otto suore. Furono inaugurati due cimiteri per la sepoltura dei morti di “mal di contagio”, uno sulla Rocca e l’altro in località Terrarossa. Il 18 agosto 1631, si tenne la solenne processione del Santissimo Crocifisso dal paese fino al “marginone” (dove attualmente sorge il cimitero). Il 31 agosto fu esposta la statua della Madonna per ringraziamento del cessato contagio; in realtà, tra il 7 settembre e il 25 ottobre ci furono 14 morti.
Nel 1672, fu fondata la Confraternita di Santa Maria della Misericordia per l’assistenza degli infermi; sede del sodalizio fu l’Oratorio della Madonna del Canale. I confratelli e le consorelle ebbero sepoltura privilegiata all’interno della Pieve.
Tra i pievani di Uzzano, si ricorda Mariotto Bocciantini da Montecarlo, che fu in carica tra il 1669 e il 1675, fine intellettuale, autore del saggio “Fuggi dall’ozio – Esagerazione sopra i sette peccati capitali”; Bocciantini fu precettore del futuro celebre clavicembalista Bernardo Pasquini di Massa e Cozzile.
Nel 1727, la Diocesi di Pescia ottenne il vescovato, ovviando a una situazione insolita che vedeva il capitolo della Prepositura, con il preposto “nullius”, a guidarla. Due anni dopo, nel 1729, la chiesa di Uzzano fu elevata al rango di arcipretura. Divenne primo arciprete Giovanni Michele Fratini, pievano sin dal 1709.
Successore del Fratini nel 1736 fu Antonio Ansaldi, appartenente alla nobile famiglia pesciatina, laureato in “utroque iure” all’Università di Bologna, amico dell’arcivescovo Prospero Lorenzo Lambertini, che nel 1740 divenne Papa Benedetto XIV. Nel 1754, accompagnando il nipote Innocenzo (pittore e critico d’arte, autore di una guida sulle bellezze artistiche della Valdinievole) all’Accademia d’Arte, Don Ansaldi fu ricevuto in udienza da Papa Lambertini, il quale gli donò l’immagine della Madonna del Buon Consiglio, poi collocata nella cappella del Santissimo Sacramento dell’Arcipretura di Uzzano. L’immagine mariana fu la prima sotto tale titolo nella Diocesi di Pescia.
Il 26 ottobre 1783, su rescritto del Granduca Pietro Leopoldo di Lorena, fu istituita la Rettoria di Santa Lucia a Terrarossa, distaccando una parte di territorio dell’Arcipretura di Uzzano.
Nel 1785, il Granduca di Toscana Pietro Leopoldo di Lorena cancellò un buon numero di enti ecclesiastici. A Uzzano, furono soppresse le opere dei Santi Jacopo e Martino e della Madonna del Canale, le compagnie del Corpus Domini e del Rosario e il Convento dei Santi Francesco ed Elisabetta; tutti i beni furono avocati allo Stato toscano, alcuni messi in vendita, altri ceduti all’arciprete. Le opere dei Santi Jacopo e Martino e della Madonna del Canale furono ricostituite successivamente.