Durante il ministero parrocchiale dell’arciprete Giuseppe Bongiovanni, che abbracciò buona parte del XIX secolo (1828 – 1875), si compirono due eventi di opposta valenza; nel 1832, l’evento negativo dell’abbattimento dell’antica Rocca, divenuta proprietà dell’Opera dei Santi Jacopo e Martino, al posto della quale fu messo a dimora un oliveto per il sostentamento dell’arciprete. Nel 1843, l’evento positivo del restauro dell’ex cappella del Convento dei Santi Francesco ed Elisabetta, che divenne l’Oratorio di Sant’Antonio da Padova; fu fondata l’omonima congrega, che prese in custodia l’edificio.
In un anno non ben precisato del XIX secolo, gli oliveti uzzanesi subirono un’invasione di mosca olearia. Ciò mise in ginocchio gli agricoltori della collina, che pensarono di chiedere l’intercessione della Madonna del Buon Consiglio per far cessare il flagello. Si organizzò una processione straordinaria, portando l’immagine sacra in giro per gli oliveti. Al suo passaggio, le mosche cadevano stecchite, per cui la popolazione gridò al miracolo. Sorse una congrega in omaggio alla Madonna del Buon Consiglio e, ogni anno, la processione fu ripetuta.
Nel 1895, al tempo dell’arciprete Romualdo Lazzeroni, si costituì un comitato che intendeva riportare la chiesa all’originario aspetto romanico. Presidente del Comitato il Cav. Giovanni Enrico Anzilotti, vicepresidente l’Ing. Oreste Angeli, cassiere Don Guido Giovannelli, segretario M° Giuseppe Melosi. Su progetto dell’Ing. Achille Guerra, la maggior parte degli altari e delle decorazioni barocche furono rimossi, ripristinando il paramento lapideo in pietra arenaria. I lavori proseguirono fino al 1910 quando, su progetto dell’architetto Giuseppe Castellucci, fu abbattuto il loggiato sulla facciata, riaperti il rosone e la finestra semicircolare sopra il portale d’ingresso, creata una loggetta a colonne al culmine della facciata, sulla falsariga della Chiesa di San Jacopo ad Altopascio.